飞纳扫描电镜是针对台式电镜设计的，本着台式电镜简单易用，利用半导体制冷，无需额外冷却系统，是一款具有处理所有类型材料能力的分析仪器，可以提供成像质量，配备X射线能谱仪接口，并有X射线几何设计，可对所有样品进行分析，对于非导体采用电子束衬管技术也提高了图像质量和分析精度。
扫描电镜先进的X射线几何结构以及标配能谱仪和波谱仪，可变电压功能用于分析较少制备的非接触式样品，可移动的显微镜样品台用于观察大型样品，是介于透射电镜和光学显微镜之间的一种微观形貌观察手段，可直接利用样品表面材料的物质性能进行微观成像。扫描电镜的结构包括电子光学系统、图像显示和记录系统、真空系统、X射线能谱分析系统。
电子光学系统提供一个稳定的电子源，形成电子束，一般使用钨丝阴极电子枪，用直径约为0.1 mm的钨丝，弯成发夹形，形成半径约为100um的V形。当灯丝电流通过时，灯丝被加热，达到工作温度后便发射电子，在阴极和阳极间加有高压，这些电子则向阳极加速运动，形成电子束，扫描电镜电子束在高压电场作用下，被加速通过阳极轴心孔进入电磁透镜系统。
飞纳扫描电镜主要包括扫描发生器、扫描线圈和放大倍率变换器，由X扫描发生器和Y扫描发生器组成，产生的不同频率的锯齿波信号被同步送入镜筒中的扫描线圈和显示系统CRT中的扫描线圈上。扫描电镜镜筒的扫描线圈分上、下双偏转扫描装置，其作用是使电子束正好落在物镜光阑孔中心，并在样品上进行光栅扫描。
