全自动扫描电子显微镜与光学显微镜是两种不同的显微镜，二者在定义上，分类上，组成结构上有区别。
1、定义不同：
光学显微镜是利用光学原理，把人眼所不能分辨的微小物体放大成像，以供人们提取微细结构信息的光学仪器。
全自动扫描电子显微镜技术的应用是建立在光学显微镜的基础之上的，光学显微镜的分辨率为0.2μm，透射电子显微镜的分辨率为0.2nm，也就是说透射电子显微镜在光学显微镜的基础上放大了1000倍。
2、分类不同：
光学显微镜有多种分类方法，按使用目镜的数目可分为三目，双目和单目显微镜；按图像是否有立体感可分为立体视觉和非立体视觉显微镜；按观察对像可分为生物和金相显微镜等；按光学原理可分为偏光，相衬和微分干涉对比显微镜等。
全自动扫描电子显微镜按结构和用途可分为透射式电子显微镜、扫描式电子显微镜、反射式电子显微镜和发射式电子显微镜等。
3、组成结构不同：
显微镜的光学系统主要包括物镜、目镜、反光镜和聚光器四个部件。广义的说也包括照明光源、滤光器、盖玻片和载玻片等。
全自动扫描电子显微镜由镜筒、真空装置和电源柜三部分组成。
和光学显微镜及透射电镜相比，扫描电镜具有以下特点：
1、能够直接观察样品表面的结构，样品的尺寸可大至120mm×80mm×50mm。
2、样品制备过程简单，不用切成薄片。
3、样品可以在样品室中作三度空间的平移和旋转，因此，可以从各种角度对样品进行观察。
4、景深大，图象富有立体感。扫描电镜的景深较光学显微镜大几百倍，比透射电镜大几十倍。
5、图象的放大范围广，分辨率也比较高。可放大十几倍到几十万倍，它基本上包括了从放大镜、光学显微镜直到透射电镜的放大范围。分辨率介于光学显微镜与透射电镜之间，可达3nm。
6、电子束对样品的损伤与污染程度较小。
7、在观察形貌的同时，还可利用从样品发出的其他信号作微区成分分析。
